在杜勒斯麾下
亨特的下一个任务是在中央情报局总部内处理巴尔干事务。他认识了当时中央情报局驻雅典情报站站长，此人和王室很熟，且与希腊情报机关首脑有着极好的工作关系。中央情报局特工常常穿过希腊北部边境进入保加利亚，空中行动也往往是从希腊机场起飞，而后进入除南斯拉夫和阿尔巴尼亚以外的所有巴尔干国家。进入阿尔巴尼亚的所有行动均由中央情报局和英国的军情六处共同合作，因为中央情报局认为英国方面在阿尔巴尼亚的经验比较丰富。从流亡的索古国王的贴身保镖中吸收的阿尔巴尼亚间谍，在西德受训之后，大都从意大利亚得里亚海滨的巴黎乘飞机返回本国。然而飞机频繁失事，中央情报局对此疑心越来越重。有一次，一个阿尔巴尼亚特工小组发出信号，请求运回一名受伤的组员。中央情报局决定把这个任务和空投传单一并执行。指定的会合地点是在一个峡谷里。当来接应的飞机到距离地面只有五六十英尺高度的时候，突然遭到两侧轻重武器的袭击。已经打开了舱门的飞机尽管被火力击中，但还是侥幸逃了回来，在巴黎机场强行着陆。
1953年，艾伦.杜勒斯出任中央情报局局长。他把亨特派到危地马拉，协助推翻那里的共产党政权。已晋升为宣传计划和政治行动处处长的亨特得到指示后，把危地马拉计划置于其他所有秘密行动之上，优先执行。这个行动计划，是指中央情报局打算在西半球分支机构中建立一支半自动化的特工队伍。这支队伍拥有自己的经费和联络中心，以及不需中央情报局高层人物的关照，就能够运转起来的一条指挥链。亨特肩负的使命，就是效法成功的中央情报局特工基姆.罗斯福。后者兵不血刃就推翻了伊朗总理穆罕默德.莫萨德。他采取从心理上影响政府和百姓的手段，只是在最后的时刻才出其不意地动用了武力。
在警告过危地马拉市市民之后，美国飞机俯冲投下了无害的烟幕弹。中央情报局还在附近的洪都拉斯市，使用一台大功率发射机，干扰危地马拉的国家电台，企图割断人民和军政府之间的联系。一股亲美的反政府武装在卡斯蒂略.阿马斯的领导下，率先发起了陆路进攻，占领了危地马拉市，生擒政治领袖阿米兹及其追随者。倒霉的是在这次行动中，一艘正在巴里奥斯港卸货的英国船，被错误地当做一艘驶往危地马拉的捷克军火运输船而遭轰炸，结果这艘船葬身海底。
