情报局长的得力助手
1939年7月26日，佛莱明被任命为皇家海军预备役志愿兵上尉。戈弗雷上将解释他那别出心裁的任命时说“从一开始我就想到要把一切情报都告诉伊恩，万一要是我出了什么事，那么，就有人了解情况——他可以保证情报局继续正常工作。我还派他代我出席一些重要的部门日常会议。”这些会议的内容是宣传手段和计划、政治战和颠覆活动。
对于佛莱明这样的人来说，这个新任命融合了新闻工作的变幻莫测和证券经纪的强大能量——从而激发起他的；中天干劲。他是一个天生的调解人，但是以强凌弱不是他的作风。他虽然特别精明圆滑，但是对高级将领并没有格外尊崇。他对他们都是一视同仁。戈弗雷上将说：“他也许比我更快就领悟到，情报工作有时候犹如必须裹上糖衣的一种很难烹制的食物。带来坏消息的膳食管理员是不受人欢迎的。如何迅速地调和糖衣和坏消息，是一种只有少数人才具备的才能。”
佛莱明作为戈弗雷的私人助手，拥有比他原先想像的要大得多的权力，他比局里三个处的许多高级军官掌握更多的机密：所以，戈弗雷担保他很快就会晋升少校、中校。他极为信赖佛莱明，在佛莱明去世后他说“我曾经说伊恩应该是D.N.I.（海军情报局局长），我该是他的海军顾问。他若是年长10岁，我年轻10岁，也许就可以提出这样一个建议。“但是，这个工作虽然满足了佛莱明的欲望，驱散了他的烦恼，他却依然精力过盛，觉得不自在。”39室的同事们注意到他从不介入轻松的玩笑，完全拒绝参加任何集体活动，不原被集体情绪所感染。他是一个离群的人，他使他们都清楚意识到了这一点。坐在39室里的戈弗雷上将的秘书爱德华.梅里特是佛莱明的邻桌，他可以仔细地观察他的举止。他回忆道：
第一次看见佛莱明，我就把他当做孤僻忧愁的人，我从未改变过这种想法。我认为他的态度很像典型的老伊顿人。他一直持有那种孤僻的优越感。我从来忘记他是怎么使用他的那句口头禅的。他所烦恼和讨厌的事都是以那句“哎，就是这么回声”告终的。
戈弗雷逐渐发现，他的这位才华横溢的私人助手的确有一个缺点：他办事不彻底——虽然他思维活跃，但他却爱叫别人代他去做核查细节的烦人的日常工作。然而，戈弗雷性格倔强，他坚持认为佛莱明不是做事虎头蛇尾的人。
情报局里某些方面的工作使佛莱明想起了巴肯。通过海军情报局，他接触过执行诸如向被占领的欧洲地区空投人员、物资之类特殊任务的特别行动队，这激发起了他的想像力，并成了邦德小说的极好的素材。自然佛莱明还和军情五处和六处有着密切联系，他在军情五处第一次认识了马克斯韦尔.奈特。据说詹姆斯.邦德那个影子，一般的上司M就是以戈弗雷和奈特为原型的。
佛莱明也从他克长皮特情报冒险活动中，获得了创作詹姆斯.邦德系列小说的灵感。这一时期对他影响很深的另一个人物是厄斯金.奇尔德斯。佛莱明读完《沙滩之谜》后，就开始了他那半真半假的秘密历险。1940年，他驱车沿着德国北部海岸，饱览了弗里西亚群岛的陌生风景一后来他记下了这次旅行的情况：
我认真地留意这些岛屿的名称一沃格鲁奇，斯皮克鲁格，诺顿尼，伯库姆。那时候，我无休止地研究海军部的海图，酝酿了一系列行动计划：把我和一名同样勇敢的报务员，用潜艇送到这些群岛上潜伏下来，报告德国潜艇和舰队的动向。
佛莱明的梦想没有实现，因为戈弗雷不打算拿他的得力臂膀去作那样鲁莽的冒险。海军上将丹宁认为佛莱明的有些念头简直是疯狂的，但他又不得不承认：
尽管他的许多不切实际的计划只有一线可能，但你不得不三思之后才把它扔进废纸篓。例如，就在袭击迪耶普前夕，他提出把人藏在大混凝土块里沉在英吉利海峡中，通过潜望镜监视港口。我们自然没有采纳，但是这个计划也许会奏效。
